Este trabajo analiza la estructura y los procedimientos de las instancias encargadas de la gestión de la ética de la investigación en las universidades generalistas. De inicio, se analiza el estado de la cuestión de la ética de la investigación en las universidades generalistas iberoamericanas y los retos que plantea su gestión. En un segundo momento, se estudian los componentes propios de la evaluación ética de proyectos de investigación desde la perspectiva de los comités institucionales de ética de la investigación (CIEIs). En un tercer momento, se analizan los supuestos que aún no han sido incluidos por regulación específica alguna, determinando si deberían ser abordados de manera normativa o si podrían ser resueltos solo aplicando principios para cada caso concreto. Finalmente, a modo de caso de estudio, se analiza el ecosistema de ética de la investigación en el Perú a través de las instancias vinculadas a la investigación y su desarrollo en el referido país. El resultado es una propuesta que puede ser implementada en sintonía con los retos que enfrentan las universidades generalistas en el siglo XXI y que permite generar buenas prácticas en investigación.