Dentro de los límites que impone la teoría del dominio del hecho al instituto de la autoría mediata de por sí, un tema complejo e intrincado , pretendemos concentrarnos aquí en el análisis dogmático de una de las varias modalidades de dominio del hecho; a saber: el llamado dominio por organización. A su vez, dentro de la constelación de casos posibles de imaginar, nos interesa abordar específicamente la compatibilidad de la autoría mediata con el supuesto de un instrumento que obra libre y dolosamente, como integrante de la organización o, si se prefiere, del aparato organizado de poder, conforme a la terminología empleada por ROXIN. Se trata de examinar, entonces, la incidencia que posee la teoría del dominio del hecho y, en particular, si puede sostenerse que media dominio de la voluntad por organización en aquellos casos donde el autor inmediato quien, supuestamente, obra instrumentalizado actúa también libre y dolosamente, dentro de un aparato organizado de poder. Por consiguiente, dejando de lado las restantes hipótesis de instrumentalización del ejecutor directo del delito (v.gr.: los casos de coacción, error o inimputabilidad de este) nuestro enfoque apunta a determinar si es o no admisible atribuirle autoría mediata por dominio de organización al dirigente de la estructura de poder, cuando el autor directo obra en forma libre y con dolo, más allá de que este último pertenezca o integre también el aparato organizado de poder.

Se muestran algunos ejemplos como en la jurisprudencia argentina y su difundida recepción en la sentencia Fujimori de la Sala Penal Especial de la Corte Suprema de Perú del 7 de abril de 2009 y pese que algunas voces critican la supuesta inconsistencia dogmática de la teoría del dominio del hecho por dominio de voluntad en virtud de aparatos organizados de poder, la idea de ROXIN se ha recogido en la CPI a través del Estatuto de Roma en su artículo 25.3.a).